九州西岸域は、沿岸漁業や養殖業にとって、我が国でも恵まれた自然環境のひとつです。漁業の対象となる沿岸の魚や貝などがどのような暮らし方をしているのか、どのような環境が暮らしやすいのか、また魚などの子どもが健康に生きていく環境や生き残っていく仕組みなどを調べ、豊かな海を維持し、利用していく方法について調査や研究を行っています。

		有明海・八代海を主対象に、漁場の環境の保全・回復のために、貧酸素水塊や底質などの調査研究を行っています。
		有明海・八代海を主対象に、ノリや二枚貝などがたくさん獲れるように、これら生物の生産に関する調査研究を行っています。
		九州西岸域において水産業上重要な魚介類資源を維持し増やしていくために、それらの生理および生態についての調査研究を行っています。
		九州西岸域における水産業上重要な種類を持続的に利用するため、特に減少の著しい種類を対象に、生態や減少原因およびそれらとのじょうずな付き合い方について調査研究を行っています。